Η δεύτερη θεωρία για τον ιδιαίτερο γεωλογικό σχηματισμό των βράχων της Bωλάξ έχει να κάνει με  την επίκλυση της θάλασσας (transgression) –εκατομμύρια χρόνια πριν–, μέχρι το σημείο που βρίσκεται το χωριό της Βωλάξ, σε ένα υψόμετρο δηλαδή 280-300 μέτρων, όταν το ψηλότερο βουνό της Τήνου είναι ο Τσικνιάς (726 μ.) και ψηλότερο βουνό των όλων των Κυκλάδων είναι το όρος Ζευς στη Νάξο, με υψόμετρο 1004 μέτρων.

Πριν από 15 εκατομμύρια χρόνια η σημερινή Ελλάδα, η Μικρά Ασία, το Αιγαίο και το Κρητικό Πέλαγος αποτελούσαν μια εκτεταμένη περιοχή στεριάς, την Αιγηίδα. Κατά την πλειόκαινο, πριν από 4.5-2.5 εκατομμύρια χρόνια, η θάλασσα κατέκλυσε τις περιοχές της Αιγηίδας εκτός από τις κορυφές των βουνών της, που έτσι αποτέλεσαν τα νησιά του Αιγαίου. Αλλεπάλληλες γεωλογικές μεταβολές, μετακινήσεις του φλοιού της γης, σεισμοί, εκρήξεις ηφαιστείων, έδωσαν στο νησιωτικό σύμπλεγμα των Κυκλάδων τη μορφή που έχει σήμερα. Ολόκληρα νησιά -η Σαντορίνη, η Μήλος, η Κίμωλος- και ένα τμήμα της Αντιπάρου σχηματίστηκαν από την ηφαιστειακή δραστηριότητα η οποία συνόδευσε τη δημιουργία του νησιωτικού τόξου του Νοτίου Αιγαίου, που δημιουργήθηκε με την καταβύθιση της Αφρικανικής Πλάκας κάτω από τη μικροπλάκα του Αιγαίου. Υπολογίζεται ότι η ηλικία των ηφαιστείων αυτών ανάγεται στα 4 εκατομμύρια χρόνια.

Η ιστορία της γεωλογικής δημιουργίας των Κυκλάδων εξηγεί τον τεράστιο γεωλογικό πλούτο τους, όπου κάθε νησί παρουσιάζει ένα εντυπωσιακό και εντελώς ξεχωριστό ανάγλυφο και περιλαμβάνει μνημεία με τεράστιο γεωλογικό αλλά και παλαιοντολογικό, αρχαιολογικό και ιστορικό ενδιαφέρον: οι ηφαιστειακοί κρατήρες στη Μήλο και την Αντίμηλο, η καλντέρα της Σαντορίνης και ο κρατήρας της Νέας Καμένης, η ηφαιστειακή φλέβα της Θηρασιάς, τα υποβλητικά σπήλαια της Ηρακλειάς, της Νάξου, της Σερίφου, της Αντιπάρου, της Φολεγάνδρου, ο συγκλονιστικός υπερμεγέθης μονόλιθος του Καλάμου στην Ανάφη, οι εκλογίτες στη Σύρο, οι μανιταροειδείς μορφές διάβρωσης και οι θερμές πηγές στην Κίμωλο, τα θερμά λουτρά στην Κύθνο, τα απολιθώματα νάνων ελεφάντων στη Νάξο και τη Δήλο, τα αρχαία μεταλλεία στη Σέριφο.

Η κατ' αρχάς ύπαρξη της θάλασσας με την έντονη υδάτινη διάβρωση στις ούτως ή άλλως «αδυναμίες» των βράχων εξηγεί σε κάποιους την ύπαρξη άμμου σε πάμπολλα σημεία του χωριού αλλά και τα βρύα με τις λειχήνες που υπάρχουν επάνω στις πέτρες. Μετά την απόσυρση της θάλασσας παρέμεινε ένας άδεντρος τόπος (πριν τις δενδροφυτεύσεις από τις αρχές τις δεκαετίας του '90) με πετρώδες και άγονο εδάφος.